We staan nog voor een aantal grote uitdagingen om de Europese aal beter te beschermen.

Migratiebarrières

In heel Europa bevinden zich op duizenden plekken migratiebarrières voor de aal. In de Kaderrichtlijn Water (Water Framework Directory) zijn verplichtingen opgenomen om daar wat aan te doen. In de Aalverordening [8] wordt daarnaar verwezen. Elke lidstaat kan in haar nationale aalbeheerplan maatregelen opnemen om deze migratiebarrières op te lossen, maar deze worden lang niet altijd uitgevoerd. Het grote bezwaar is dan ook dat er niet een integrale aanpak per stroomgebied is aangenomen. Hierdoor kan het zijn dat een land bovenstrooms veel investeert om de knelpunten op te lossen, terwijl dit benedenstrooms niet gebeurt. Hierdoor wordt er uiteindelijk geen vooruitgang geboekt; de aal kan alsnog niet de zee bereiken. Er is meer ambitie op internationaal niveau nodig voor het oplossen van migratiebarrières.

Waterkwaliteit

De Kader Richtlijn Water [15] is de Europese verordening die de waterkwaliteit, -kwantiteit en -connectiviteit van de Europese binnenwateren moet verbeteren.
Voor heel Europa zijn er richtlijnen opgesteld waar de waterkwaliteit aan moet voldoen [15]. Voor een gezond ecosysteem zijn water en sediment niet in alle Europese landen van voldoende kwaliteit voor de aal en andere belangrijke organismen. Ook in Nederland is de biologische draagkracht sterk afgenomen door de reductie van nutriënten., met als gevolg dat er minder vissen en andere organismen per hectare kunnen leven.
Het verbeteren van de waterkwaliteit in Europa zal de beschikbaarheid van kwalitatief goed habitat voor de aal vergroten.

Stroperij

Het aanpakken van de stroperij, voornamelijk die op glasaal, is een grote uitdaging. Er wordt over heel Europa illegaal aal gevangen. Dit gaat ten koste van het bestand én de beroepsvisserij die legaal te werk gaat. Er is een groot netwerk van illegale export van glasaal naar Azië. De exacte omvang is niet bekend, maar dat het een belangrijke impact heeft op het bestand, staat vast [2].De illegale handel zet de legale glasaalvissers en -handelaren onder druk, en frustreert de inspanningen voor aalbeheer. Het bestrijden van deze illegale handel in glasaal is dan ook een van de grootste uitdagingen op dit moment. DUPAN vindt dat iedereen zich aan de regels moet houden. DUPAN distantieert zich van bepaalde Nederlandse beroepsvissers die tijdens het gesloten seizoen toch op aal vissen.

Bestandsinschatting

Buiten de vangstgegevens van de visserij en van de monitoring van glasaal, zijn er weinig gegevens beschikbaar over de omvang van het aalbestand. Een betere bestandsinschatting van de aal zou een grote vooruitgang brengen in de kennis van de huidige populatie. Ook biedt een betere bestandsinschatting mogelijkheden om het effect van de huidige beheermaatregelen te monitoren. Op dit moment is er niet in alle landen een redelijke inschatting beschikbaar van de impact die de commerciële en recreatieve visserij heeft op het aalbestand. De sterfte ten gevolge van de andere factoren (waterkrachtcentrales, ziektes en parasieten, waterkwaliteit,.) is zelfs grotendeels onbekend.

Kunstmatige voortplanting

Gekweekte aal is als glasaal uit het wild gevangen. De aal kan zich nog niet in gevangenschap voortplanten. Zodra dit wel lukt, hoeft er voor consumptie minder wilde glasaal te worden gevangen.

Men is er in de wetenschap al wél in geslaagd om aal te laten voorplanten en de eitjes te laten uitkomen. Maar de larven blijven maar enkele weken in leven, omdat het nog niet lukt om ze te voeden. Het is met de Europese soort dan ook nog niet gelukt om een larfje tot glasaal op te laten groeien. In tegenstelling tot de Japanse soort, waarbij dit op laboratoriumschaal al wel is gelukt. In het Eelric in Wageningen werken wetenschappers van de hele wereld samen om ook de Europese soort in gevangenschap voort te planten.
Wanneer dit op commerciële schaal mogelijk is, hoeft er voor kwekerijen minder glasaal te worden gevangen. Hierdoor vermindert de visserijdruk op glasaal en zou er meer aan herstel kunnen worden gedaan.

Naleven aalverordening

Het is ook een uitdaging om ervoor te zorgen dat alle Europese landen de EU-Aalverordening naleven en hebben geïmplementeerd in nationale wetgeving. En zelfs al leven de landen de regelgeving na, dan nog is het onzeker of de genomen maatregelen op termijn een goede aalstand tot gevolg zullen hebben. Dat komt, omdat we nog veel niet weten over het samenspel van alle factoren die van invloed zijn.